Assay information: HvVRNH3_A471T
| Narrative | The barley vernalization locus VRN-H3 is though to be encoded by a barley homologue of the arabidopsis gene FLOWERING LOCUS T (FT). Dominant Vrn-H3 alleles confer vernalization non-responsive 'spring' alleles. Although the causative mutation within barley HvFT is not formally identified, two SNPs within HvFT intron 1 have been reported to be associated with spring and winter VRN-H3 alleles. SNP A = associated with the spring Vrn-H3 allele. SNP T = associated with the winter vrn-H3 allele. Note: Kaspar SNP HvVRNH3_G585C is equivalent to SNP 1-270 from Yan et al 2006 (PMID: 17158798). |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| References | PMID: 17158798 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Map | AGOUEB ver1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome | 7H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cM position | 38.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Assay ID | 9720122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Assay Name | HvVRNH3_A471T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference Allele Sequences |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Polymorphism sequence | CTATGCTTTCTTTTC[A/T]ATTCGTTCCAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference allele sequence alignment |
CLUSTAL W(1.60) multiple sequence alignment VRNH3_Igri_DQ898517 ATGGCCGGGAGGGACAGGGATCCGCTGGTTGTCGGCAGGGTTGTGGGGGACGTGCTGGAC VRNH3_BGS213_DQ898515 atggccgggagggacagggatccgctggttgtcggcagggttgtgggggacgtgctggac VRNH3_Igri_DQ898517 CCCTTCGTCCGAACCACCAACCTCAGGGTGACCTTCGGGAACAGGGCCGTGTCCAACGGC VRNH3_BGS213_DQ898515 cccttcgtccgaaccaccaacctcagggtgaccttcgggaacagggccgtgtccaacggc VRNH3_Igri_DQ898517 TGCGAGCTCAAGCCGTCCATGGTCGCCCAGCAGCCGAGGGTGGAGGTGGGCGGCAATGAG VRNH3_BGS213_DQ898515 tgcgagctcaagccgtccatggtcgcccagcagccgagggtggaggtgggcggcaatgag VRNH3_Igri_DQ898517 ATGAGGACCTTCTACACGCTCGTACGTACACAATCACCACTATCTAATGCAAATTTTAAT VRNH3_BGS213_DQ898515 atgaggaccttctacacgctcgtacgtacacaatcaccactatctaatgcaaattttaat VRNH3_Igri_DQ898517 TTAGCTCTGAAACTGAAAGTGCTTACCACACGCACATGCACGATCGGGCTCTCTCTAGCT VRNH3_BGS213_DQ898515 ttagctctgaaactgaaagtgctcaccacacgcacatgcacgatcgggctctctctagct VRNH3_Igri_DQ898517 AGTACGTACGTCCCTTTTCGATGCTTCTTCTCTATTCGATGGAAATTGATTTTCGATGCT VRNH3_BGS213_DQ898515 agtacgtacgtcccttttcgatgcttcttctctattcgatggaaattgattttcgatgct VRNH3_Igri_DQ898517 TCTGTTCATCACGTGTAATTTGTGTTAATTAGCAAGCACATGATTTTCTACGTACCATTT VRNH3_BGS213_DQ898515 tctgttcatcacgtgtaatttgtgttaattagcaagcacatgattttctacgtaccattt VRNH3_Igri_DQ898517 TTCTGTGCTCTCTGGTATTATTGATCATGATTTTTCTATGCTTTCTTTTCTATTCGTTCC VRNH3_BGS213_DQ898515 ttctgtgctctctggtattattgatcatgatttttctatgctttcttttcaattcgttcc VRNH3_Igri_DQ898517 AGGAACATTAATCATATATAGGAGCTTCTGCAATCACATGACTAATGCTCGCTCGATCTT VRNH3_BGS213_DQ898515 aggaacattaatcatatataggagcttctgcaatcacatgactaatgctcgctcgatctt VRNH3_Igri_DQ898517 TACATATATGCTTATCAGCTTATGTACGTACTCTCGCTGGTGCTCATCATGATATGTGCA VRNH3_BGS213_DQ898515 tacatatatgcttatcagcttatgtacgtactctcgctggtgctgatcatgatatgtgca VRNH3_Igri_DQ898517 TGCTTTATACTGCCTGCAGGTGATGGTAGACCCAGATGCTCCAAGTCCTAGCGACCCCAA VRNH3_BGS213_DQ898515 tgctttatactgcctgcaggtgatggtagacccagatgctccaagtcctagcgaccccaa VRNH3_Igri_DQ898517 CCTTAGAGAGTATCTCCACTGGTAAGTACAGTAATTGTTACTCAGTTGAATGATTTCTTT VRNH3_BGS213_DQ898515 ccttagagagtatctccactggtaagtacagtaattgttactcagttgaatgatttcttt VRNH3_Igri_DQ898517 TTCCCTAGATCGATATACACTAGCGGACTAGCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC VRNH3_BGS213_DQ898515 ttccctagatcgatatacactagcggactagctcatgtgtgtgtgtgtgtg------tac VRNH3_Igri_DQ898517 GTACATGTGTGTGCAGGTTGGTGACAGATATCCCGGGTACAACTGGGGCGTCGTTCGGGC VRNH3_BGS213_DQ898515 gtacatgtgtgtgcaggttggtgacagatatcccgggtacaactggggcgtcgttcgggc VRNH3_Igri_DQ898517 AGGAGGTGATGTGCTACGAGAGCCCTCGTCCAACCATGGGGATCCACCGCTTCGTGCTCG VRNH3_BGS213_DQ898515 aggaggtgatgtgctacgagagccctcgtccaaccatggggatccaccgcttcgtgctcg VRNH3_Igri_DQ898517 TGCTCTTCCAGCAGCTGGGGCGGCAGACGGTGTACGCCCCCGGGTGGCGCCAGAACTTCA VRNH3_BGS213_DQ898515 tgctcttccagcagctggggcggcagacggtgtacgcccccgggtggcgccagaacttca VRNH3_Igri_DQ898517 ACACCAGGGACTTTGCCGAGCTCTACAACCTCGGCCAGCCCGTTGCCGCCGTCTACTTCA VRNH3_BGS213_DQ898515 acaccagggactttgccgagctctacaacctcggccagcccgttgccgccgtctacttca VRNH3_Igri_DQ898517 ACTGCCAGCGCGAGGCCGGCTCCGGCGGCAGGAGGATGTACAATTGA VRNH3_BGS213_DQ898515 actgccagcgcgaggccggctccggcggcaggaggatgtacaattga Download file: VRNH3.aln |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Validation plot |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genotype data |
|