| Narrative | Plant height is controlled by many genetic loci. A candidate gene for the UZU semi-dwarfing locus deployed predominantly in Asian barley has been identified as a barley homologue of the arabidopsis dwarfing gene BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1 (BRI1). Coarse mapping correlates a non-synonymous SNP within HvBRI1 with the semi-dwarf phenotype in a bi-parental mapping population. SNP A = associated with wild-type height, SNP G = associated with sem-dwarf height. Note: no polymorphism was found for this assay during its development using UK and European/North American barley germplasm. |
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| References | PMID: 14551335 |
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| Map | AGOUEB ver1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome | 4H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cM position | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Assay ID | 9720089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Assay Name | HvBRI1_A2570G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference Allele Sequences |
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| Polymorphism sequence | TTGGCAAGATCAAAC[A/G]CCGCAACCTTGTTCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference allele sequence alignment |
CLUSTAL W(1.60) multiple sequence alignment HvBRI1_Misato-Golden_AB088206 ATGGATTGCCTGCGGCTGGCGGTAGCGGCGGCGGCGCTCCTTCTCGCGGCGCTCGCGGCG HvBRI1_Kashima-mugi ATGGATTGCCTGCGGCTGGCGGTAGCGGCGGCGGCGCTCCTTCTCGCGGCGCTCGCGGCG HvBRI1_Misato-Golden_AB088206 GCGGCCGACGACGCGCAGCTGCTGGACGAGTTCAGGATGGCGCTGCCCAGCCAGGCGCCG HvBRI1_Kashima-mugi GCGGCCGACGACGCGCAGCTGCTGGACGAGTTCAGGATGGCGCTGCCCAGCCAGGCGCCG HvBRI1_Misato-Golden_AB088206 CTCGAAGGCTGGACCGCGCGGGAGGGCGCCTGCAGGTTCCCCGGCGCGGTGTGCCGGGGC HvBRI1_Kashima-mugi CTCGAAGGCTGGACCGCGCGGGAGGGCGCCTGCAGGTTCCCCGGCGCGGTGTGCCGGGGC HvBRI1_Misato-Golden_AB088206 GGGCGGCTCACGTCGCTCTCGCTCGCCGCCGTCACGCTCAATGCCGACTTCCGCGCCGTC HvBRI1_Kashima-mugi GGGCGGCTCACGTCGCTCTCGCTCGCCGCCGTCACGCTCAATGCCGACTTCCGCGCCGTC HvBRI1_Misato-Golden_AB088206 GCCAACACCCTGCTGCAGCTCAGCGCCGTCGAGCGGCTCAGCCTGCGCGGCGCCAACGTC HvBRI1_Kashima-mugi GCCAACACCCTGCTGCAGCTCAGCGCCGTCGAGCGGCTCAGCCTGCGCGGCGCCAACGTC HvBRI1_Misato-Golden_AB088206 AGCGGCGCGCTCGCGGCCGCCAGGTGCGGCGGCAAGCTCGAGGAGCTCGACCTCTCCGGG 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CCTGGTTTTGGGGTCATGGACATGACCCTCAAGGAGGCCAAGGAGGAGAAAGATTAG HvBRI1_Kashima-mugi CCTGGTTTTGGGGTCATGGACATGACCCTCAAGGAGGCCAAGGAGGAGAAAGATTAG Download file: BRI.aln |
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| Genotype data |
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