Assay information: HvINTC_C498T
| Narrative | The 2-/6-row phenotype is predominantly controlled by the VRS1 locus on chromosome 2H, with the wild type Vrs1.b alleles conferring the wild-type 2-row phenotype, and mutant VRS1.a alleles conferring the 6-row phenotype. However, mutation studies have shown that the phenotypic effect of the wild-type 2-row Vrs1.b allele can be modified by mutations at a second locus, INT-C, located on chromosome 4H. Wild-type Int-C.b alleles are associated with Vrs1.b alleles, conferring the standard 2-row phenotype, in which the sterile spikelets are sterile. However, when Int-c.a alleles are combined with Vrs1.b alleles, this results in enlarged partially sterile lateral spikelets. Similarly, when Int-C.b alleles are combined with Vrs1.a alleles, smaller lateral lateral spikelets are formed. While the underlying causative mutation underlying the naturally occuring Int-C.a allele is unknown, haplotypes at two SNPs have been found to predict allelic state at INT-C, termed here HvINTC_C124G and HvINTC_C498T. Haplotypes CT and CC are diagnostic for the Int-C.b allele. Haplotype GC is diagnostic fot the Int-C.a allele. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| References | PMID: 21217754 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Map | AGOUEB ver1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome | 4H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cM position | ~25cM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Assay ID | 1270660932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Assay Name | HvINTC_C498T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference Allele Sequences |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Polymorphism sequence | CAATACGTCAAAGGG[C/T]GCCATCAARGAGGTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference allele sequence alignment |
CLUSTAL W(1.60) multiple sequence alignment Int-C.a ATGTTTCCTTTCTATGATTCCCCAAGCCCCATGGACTTACCCCTTTACCAGCAGCTGCAG Int-C.b1 ATGTTTCCTTTCTATGATTCCCCAAGCCCCATGGACTTACCCCTTTACCAGCAGCTGCAG Int-C.b2 ATGTTTCCTTTCTATGATTCCCCAAGCCCCATGGACTTACCCCTTTACCAGCAGCTGCAG Int-C.a CTCAGCCCTCCCTCCCCAAAGGCGCCGGATCACCAATCCTTGCTCTACTACCATTCCTCC Int-C.b1 CTCAGCCCTCCCTCCCCAAAGGCGCCGGATCACCAATCCTTGCTCTACTACCATTCCTCC Int-C.b2 CTCAGCCCTCCCTCCCCAAAGGCGCCGGATCACCAATCCTTGCTCTACTACCATTCCTCC Int-C.a CCTGCATTCGCCGCCGACCCTTTCCACCACAACTACCTCTGTGCCGGTGCCGGTGCCGGT Int-C.b1 CCTCCATTCGCCGCCGACCCTTTCCACCACAACTACCTCTGTGCCGGTGCCGGTGCCGGT Int-C.b2 CCTCCATTCGCCGCCGACCCTTTCCACCACAACTACCTCTGTGCCGGTGCCGGTGCCGGT Int-C.a TCCGGTGCCGGTGAGGCCACGCCGCCAGCAGCCGAGATCGACGACCAGTCGCCGTCGGAG Int-C.b1 TCCGGTGC------GGCCACGCCGCCAGCAGCCGAGATCGACGACCAGTCGCCGCCGGAG Int-C.b2 TCCGGTGC------GGCCACGCCGCCAGCAGCCGAGATCGACGACCAGTCGCCGCCGGAG Int-C.a CTGCTTCTGATGGATCAGGCGCCGGCGCCCAGGCCAGACGGGGCTGGAAAGGCACAAGGC Int-C.b1 CTGCTTCTGATGGATCAGGCGCCGGCGCCCAGGCCAGACGGGGTTGGAAAGGCACAAGGC Int-C.b2 CTGCTTCTGATGGATCAGGCGCCGGCGCCCAGGCCAGACGGGGTTGGAAAGGCACAAGGC Int-C.a CTGCACGGCGGTGGAGGCCTCGACAGCGCGGCCGCTAGGAAAGACCGTCACAGCAAGATA Int-C.b1 CTGCACGGCGGTGGAGGCCTCGACAGCGCGGCCGCTAGGAAAGACCGTCACAGCAAGATA Int-C.b2 CTGCACGGCGGTGGAGGCCTCGACAGCGCGGCCGCTAGGAAAGACCGTCACAGCAAGATA Int-C.a TGCACCGCCGGCGGGATGAGGGACCGGCGGATGCGGCTGTCCCTCGACGTCGCCCGCAAG Int-C.b1 TGCACCGCCGGCGGGATGAGGGACCGGCGGATGCGGCTGTCCCTCGACGTCGCCCGCAAG Int-C.b2 TGCACCGCCGGCGGGATGAGGGACCGGCGGATGCGGCTGTCCCTCGACGTCGCCCGCAAG Int-C.a TTCTTCGCGCTCCAGGACATGCTCGGCTTCGACAAGGCCAGCAAGACGGTGCAATGGCTC Int-C.b1 TTCTTCGCGCTCCAGGACATGCTCGGCTTCGACAAGGCCAGCAAGACGGTGCAATGGCTC Int-C.b2 TTCTTCGCGCTCCAGGACATGCTCGGCTTCGACAAGGCCAGCAAGACGGTGCAATGGCTC Int-C.a CTCAATACGTCAAAGGGCGCCATCAAGGAGGTCATGACTGACGAGGCGTCCTCCGACTGC Int-C.b1 CTCAATACGTCAAAGGGCGCCATCAAGGAGGTCATGACTGACGAGGCGTCCTCCGACTGC Int-C.b2 CTCAATACGTCAAAGGGTGCCATCAAGGAGGTCATGACTGACGAGGCGTCCTCCGACTGC Int-C.a GAGGAGGACGGCTCCAGCAGCCTCTCCGTCGCCGACGGCAAGCACAAGCAGCCAGGGACG Int-C.b1 GAGGAGGACGGCTCCAGCAGCCTCTCCGTCGCCGACGGCAAGCACAAGCAGCCAGGGACG Int-C.b2 GAGGAGGACGGCTCCAGCAGCCTCTCCGTCGCCGACGGCAAGCACAAGCAGCCAGGGACG Int-C.a GAGGCTGGAGGTGGTGATCACGCCGACGGGAAGAAGCCGGCGCCGAGGGCTTCCAAAAGG Int-C.b1 GAGGCTGGAGGTGGTGATCACGCCGACGGGAAGAAGCCGGCGCCGAGGGCTTCCAAAAGG Int-C.b2 GAGGCTGGAGGTGGTGATCACGCCGACGGGAAGAAGCCGGCGCCGAGGGCTTCCAAAAGG Int-C.a GCACCCGCCAACCCCAAGCCGCAAAGGAAATTGGCCAGTGCGCACCTGATCCCCGACAAG Int-C.b1 GCACCCGCCAACCCCAAGCCGCAAAGGAAATTGGCCAGTGCGCACCTGATCCCCGACAAG Int-C.b2 GCACCCGCCAACCCCAAGCCGCAAAGGAAATTGGCCAGTGCGCACCTGATCCCCGACAAG Int-C.a GAGTCGAGGACAAAGGCGAGGGAGAGGGCAAGGGAGCGGACGAGGGAGAAGAACCGGATG Int-C.b1 GAGTCGAGGACAAAGGCGAGGGAGAGGGCAAGGGAGCGGACGAGGGAGAAGAACCGGATG Int-C.b2 GAGTCGAGGACAAAGGCGAGGGAGAGGGCAAGGGAGCGGACGAGGGAGAAGAACCGGATG Int-C.a CGATGGGTGACGCTCGCGTCCACAATCAACATCGAGCCGGCAACCACCGGCATGGCGGCG Int-C.b1 CGATGGGTGACGCTCGCGTCCACAATCAACATCGAGCCGGCAACCACCGGCATGGCGGCG Int-C.b2 CGATGGGTGACGCTCGCGTCCACAATCAACATCGAGCCGGCAACCACCGGCATGGCGGCG Int-C.a GCGAGGCTGGACGAGTTGGTCACCAGCCCCAACAATTTGATCAATCGCTCCTCGTCCATG Int-C.b1 GCGAGGCTGGACGAGTTGGTCACCAGCCCCAACAATTTGATCAATCGCTCCTCGTCCATG Int-C.b2 GCGAGGCTGGACGAGTTGGTCACCAGCCCCAACAATTTGATCAATCGCTCCTCGTCCATG Int-C.a AACACGCCAGGCGCTGAATTGGAGGAGGGGTGCTCGTCGTCCATGCCGAGCGAAGCGATC Int-C.b1 AACACGCCAGGCGCTGAATTGGAGGAGGGGTGCTCGTCGTCCATGCCGAGCGAAGCGATC Int-C.b2 AACACGCCAGGCGCTGAATTGGAGGAGGGGTGCTCGTCGTCCATGCCGAGCGAAGCGATC Int-C.a ATGGCTGGCTTCGGCAATGGAGGGTACGGCAGCATCGGCAACTACTACCAGCACCAGCTG Int-C.b1 ATGGCTGGCTTCGGCAATGGAGGGTACGGCAGCATCGGCAACTACTACCAGCACCAGCTG Int-C.b2 ATGGCTGGCTTCGGCAATGGAGGGTACGGCAGCATCGGCAACTACTACCAGCACCAGCTG Int-C.a GAGCAGCAATGGGAGCTCGGTGGAGTGGTGTTTGCCAACTCCCAGCACTACTGAGAAGCG Int-C.b1 GAGCAGCAATGGGAGCTCGGTGGAGTGGTGTTTGCCAACTCCCAGCACTACTGAGAAGCG Int-C.b2 GAGCAGCAATGGGAGCTCGGTGGAGTGGTGTTTGCCAACTCCCAGCACTACTGAGAAGCG Int-C.a ACGACGTGCGTACACGGTACAAGAACTACTTCCGCTGTCTCGCCTTGAACGTGCACTTAA Int-C.b1 ACGACGTGCGTACACGGTACAAGAACTACTTCCGCTGTCTCGCCTTGAACGTGCACTTAA Int-C.b2 ACGACGTGCGTACACGGTACAAGAACTACTTCCGCTGTCTCGCCTTGAACGTGCACTTAA Int-C.a TTTATATATATATATATATATATCC Int-C.b1 TTTATATATATATATATATATATCC Int-C.b2 TTTATATATATATATATATATATCC Download file: INTC_ALIGNMENT.aln |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Validation plot |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genotype data |
|