Assay information: HvVRS1_C349G
| Narrative | Three independent loss-of-function mutations (vrs1.a1, vrs1.a2, vrs1.a3) within the HvHOX1 gene underlying the VRS1 genetic locus result in the conversion of the dominant wild-type 2-row phenotype to the recesive 6-row phenotype. This marker (HvVRS1_C349G) assays for the SNP underlying the vrs1.a3 6-row allele. SNP C = 2-row (trait score 1). SNP G = 6-row (trait score 2). Note: see position 1020bp in reference sequence alignment. Note: Genotypes for all three mutations need to considered together for identification of all instances of the 6-row phenotype. KASPar marker HvVRS1_GINS681 assays for the SNP underlying the vrs1.a1 allele. The assay for the 'T' insertion/deletion characeristic of 6-row allele vrs1.a2 (PMID: 17220272) failed to convert to the KASPar platform. |
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| References | PMID: 17220272 |
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| Map | AGOUEB ver1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome | 2H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cM position | 85.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Assay ID | 9720125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Assay Name | HvVRS1_C349G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference Allele Sequences |
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| Polymorphism sequence | TCTGGAGCTGAGCTT[C/G]CGGGAGGACCGCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reference allele sequence alignment |
CLUSTAL W(1.60) multiple sequence alignment AB489121_Bonus GTCATAACTCGGCAAACATAGATTAGACAGAATTTTCTGAGTTCTTATCTAGAGGAACTC AB489123_Palmella_Blue GTCATAACTCGGCAAACATAGATTAGACAGAATTTTCTGAGTTCTTATCTAGAGGAACTC AB489122_Natsudaikon_Mugi GTCATAACTCGGCAAACATAGATTAGACAGAATTTTCTGAGTTCTTATCTAGAGGAACTC AB489121_Bonus GATGAACTTGAGGCATTGTCGAGGTTCTTCCTTTCACCGAGTACTTTTTTGCGTGTACTA AB489123_Palmella_Blue GATGAACTTGAGCCATTGTCGAGGTTCTTCCTTTCACCGAGTACTTTTTTGCGTGTACTA AB489122_Natsudaikon_Mugi GATGAACTTGAGGCATTGTCGAGGTTCTTCCTTTCACCGAGTACTTTTTTGCGTGTACTA AB489121_Bonus GGCAAATATATGAAGTTTGTGAGTTTCGGATCACCACCGAGTGCAAGTTTGGACCAAACT AB489123_Palmella_Blue GGCAAATATATGAAGTTTTTGAGTTTCGGATCACCATCGAGTGCAAGTTTGGACCAAACT AB489122_Natsudaikon_Mugi GGCAAATATATGAAGTTTGTGAGTTTCGGATCACCACCGAGTGCAAGTTTGGACCAAACT AB489121_Bonus TGACAAATACATAAGTTTGGCGAGCTCCGAATGAAATGAACTCTGCAAAAGAATAGAACT AB489123_Palmella_Blue TGACAAATACATAAGTTTGGCGAGCTCCGAATGAAATGAACTCTGCAAAAGAATAGAACT AB489122_Natsudaikon_Mugi 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GAACCGAAAGCATGGACAAGCATCAGCTCTTTGATTCATCCAACGTGGACACGACTTTCT AB489121_Bonus TCGCGGCCAATGGTACACACGACGCCGCGCGCGCCCGGTCTTTGCGCATGCGATGATGCA AB489123_Palmella_Blue TCGCGGCCAATGGTACACACGACGCCGCGCGCGCCCGGTCTTTGCGCATGCGATGATGCA AB489122_Natsudaikon_Mugi TCGCGGCCAATGGTACACACGACGCCGCGCGCGCCCGGTCTTTGCGCATGCGATGATGCA AB489121_Bonus GCTGCAGTAGCTTCAGTTTCACCGGCCAGGACACGCATGTGATGACGTTTTTTCCATTCT AB489123_Palmella_Blue GCTGCAGTAGCTTCAGTTTCACCGGCCAGGACACGCATGTGATGACGTTTTTTCCATTCT AB489122_Natsudaikon_Mugi GCTGCAGTAGCTTCAGTTTCACCGGCCAGGACACGCATGTGATGACGTTTTTTCCATTCT AB489121_Bonus GTGTTTGTATGTGCAGGCACGGCGCAGGGGGATACCAGCAAGCAGAGGGCGCGGCGCAGG AB489123_Palmella_Blue GTGTTTGTATGTGCAGGCACGGCGCAGGGGGAGACCAGCAAGCAGAGGGCGCGGCGCAGG AB489122_Natsudaikon_Mugi GTGTTTGTATGTGCAGGCACGGCGCAGGGGGATACCAGCAAGCAGAGGGCGCGGCGCAGG AB489121_Bonus CGGCGGAGGTCGGCGAGGTGCGGCGGAGGGGATGGTGACGGTGGGGAGATGGACGGAGGA AB489123_Palmella_Blue CGGCGGAGGTCGGCGAGGTGCGGCGGAGGGGATGGTGACGGTGGGGAGATGGACGGAGGA AB489122_Natsudaikon_Mugi 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AGGGAAGCACTGTCCATGTATGTGCTGGTAGTTGGCATTCATCTTTC Download file: HvVRS1_C349G_reference.aln |
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| Validation plot |
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| Genotype data |
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